De bijwerkingen van Baclofen kunnen slaperigheid, duizeligheid, vermoeidheid, en hoofdpijn zijn. Andere veelvoorkomende bijwerkingen zijn misselijkheid, droge mond, en spijsverteringsproblemen zoals constipatie. In zeldzame gevallen kunnen er ernstigere bijwerkingen optreden, zoals ademhalingsproblemen, spierzwakte, hallucinaties of verwardheid, vooral bij hoge doseringen of bij plotseling stoppen met het medicijn. Het is belangrijk om Baclofen voorzichtig te gebruiken bij oudere patiënten of mensen met een geschiedenis van nier- of leverziekten.